Здание, в котором разместилась биржа, было возведено согласно замыслу архитектора Тома-де-Томона. В проекте также участвовал великий русский архитектор Захаров. Строительство велось с 1805 года по 1810 год. Биржа была торжественно открыта в середине шестнадцатого года девятнадцатого века.
Композиция стрелки Васильевского острова была завершена в первой половине девятнадцатого века. В это время на этом месте были построены здания складов для продукции, в отношении которой осуществлялись торги на бирже. Эти здания назывались пакгаузами. Кроме того, здесь находился музейный флигель, относившийся к Академии наук, а также таможенное помещение. В конце XIX века, когда наблюдалось ускорение всемирного хозяйства, сделки на бирже носили характер фондовых, а торги сырьем и товарами осуществлялись реже. В результате пакгаузы стали уже не так необходимы, как ранее.
В конце XIX века один из пакгаузов стал одной из частей Зоологического музея. После прихода к власти большевиков и после закрытия биржи, другой пакгауз, а также Таможня стали использоваться музеем минералогии, а также Институтом русской литературы.
В конце тридцатых годов прошлого века в Биржу переехал военно-морской музей, что преобразило стрелку Васильевского острова в самый значительный центр науки и музеев в Петербурге.